Vynikající český historik a významný představitel české a historické vědy 20. a 21. století František Šmahel se ve své odborné práci soustřeďuje na dějiny středověku, zejména na období lucemburské dynastie a české reformace. Jeho badatelský zájem o téma husitství bez nacionálních a politických kontextů pomohl přehledně mapovat pozdně středověkou střední Evropu jako dobu obrovských politických, náboženských a kulturních zvratů. Věnuje se i otázkám humanismu, renesance a reformace ve střední Evropě i dějinám středoevropských univerzit. Respektován je pro svůj kritický přístup k pramenům objevování nových metodických přístupů, jeho práce jsou oceňovány v Evropě i Americe. Je členem Americké historické společnosti (American Historical Association), korespondujícím členem britské Královské historické společnosti (Royal Historical Society), Britské akademie (British Academy) a zahraničním členem Monumenta Germaniae historica. Za jeho badatelský, společenský a osobnostní přínos historické vědě obdržel od Akademie věd Výroční cenu a medaili Františka Palackého, je nositelem státního vyznamenání Za zásluhy I. stupně u příležitosti 28. října 2002 a několika čestných doktorátů. V roce 2013 obdržel Národní cenu vlády Česká hlava jako první vědec, který si odnesl nejprestižnější českou cenu za výzkum v humanitních vědách. V současné době působí jako zástupce ředitele Centra medievistických studií, společného pracoviště AV ČR a Univerzity Karlovy.
Cena Františka Palackého mu byla udělena 14. června 2004.