Jedna z předních osobností křesťanského světa v českém i v evropském měřítku, světově proslulý znalec spirituality křesťanského Východu, je považován za nejvýznamnějšího českého teologa, uznávaného představitele ekumenického úsilí a reprezentanta a propagátora české kultury. Byl autorem desítek vědeckých knih, stovek odborných článků i pohádek a básní. Olomoucké teologické fakultě věnoval podporu zejména v souvislosti s realizací projektu Centra Aletti, přednáškovou činností, pravidelnými kontakty s Papežským východním institutem a Centrem Aletti v Římě i při tvorbě specializovaného doktorského studijního programu studií křesťanského Východu. Jeho sebrané dílo, vydávané péčí olomouckého nakladatelství Refugium, se stalo nedílnou součástí české teologie 20. a 21. století s přesahem do oblasti kultury, umění, českých a evropských dějin i do oblasti přírodních věd i medicíny.
Prezident Václav Havel jej vyznamenal za vynikající zásluhy o demokracii a lidská práva Řádem T. G. Masaryka, od italského prezidenta Carlo Azeglio Ciampiho obdržel nejvyšší vyznamenání za zásluhy v oblasti kultury a umění a od České biskupské konference Řád sv. Cyrila a Metoděje za celoživotní dílo. Kardinálem jej v roce 2003 jmenoval papež Jan Pavel II. Byl nositelem čestných doktorátů několika univerzit včetně Univerzity Palackého.
Kompletní uspořádání Špidlíkovy publikační činnosti včetně rukověti k jeho životu a dílu s názvem Kardinál Tomáš Špidlík SJ – starec a teolog nerozdělené církve dokončil v roce 2013 jeden z jeho žáků a současný vedoucí katedry pastorální a spirituální teologie Cyrilometodějské teologické fakulty UP prof. Pavel Ambros.
Čestný doktorát mu byl udělen 10. prosince 1997, Cena Františka Palackého in memoriam 23. června 2010.
